海洋微藻是海洋初级生产力的主要来源，其生长繁殖快，光合效率高，培养不占耕地，节约淡水资源；微藻细胞内积累的多种天然产物在水产养殖、生物能源、食品、医药等领域有广泛的应用前景，是未来海洋经济的潜在增长点。
　　
　　海洋微藻没有高等植物的根茎叶等细胞分化，在缺氮等条件下，某些单细胞微藻可积累干重50%以上的油脂，是最有发展前景的产油生物之一。因此，不少专家为人海洋微藻作是‘后石油时代’有望破解能源危机的一把钥匙，具有产能大、无污染、可再生等优点，发展前景十分美好。
　　
　　除了解决能源问题之外，海洋微藻还可以用来提取DHA。DHA，俗称“脑黄金”，是一种对人体非常重要的长链多不饱和脂肪酸，主要影响人的智力、记忆力和思维能力。DHA不能通过人体自身合成，必须直接或间接从食物中获取。之前很长一段时间DHA都是从鱼油中提取出来，但是很容易受到污染，而海洋微藻来源的DHA整个生产过程可以进行严格的人工控制，从微藻纯种培养到精炼，都需要严格的消毒，并进行无菌操作。通过海洋微藻生产出来的DHA纯度高、无污染，并且不含有鱼腥味，质量也较鱼油DHA更优。
　　
　　由于我国海洋微藻能源研究及应用尚处于起步阶段，仍有许多问题难以解决。国内缺少海洋微藻成分测定的标准方法，这限制了我国海洋微藻代谢研究与海洋微藻生物质产业的发展。