2013年6月底，MiSeqDx在欧洲通过CE-IVD认证，2013年11月，MiSeqDx获得FDA认证，从而使得MiSeqDx成为第一台也是唯一一台获得两大权威认证的NGS平台。

同时获得认证的还包括试剂盒：囊性纤维化疾病基因筛查试剂盒MiSeqDx Cystic Fibrosisi 139-VariantAssay和囊性纤维化疾病基因临床检测试剂盒CysticFibrosisi Clinical 

SequencingAssay，通用检测试剂盒MiSeqDx Universal Kit，允许用户根据自己的研究领域开发自己的临床检测试剂盒，加快NGS技术向临床应用转化的进程。